W czasie wojny obronnej 1939 roku Skalski dowodził kluczem w toruńskiej 142. eskadrze myśliwskiej i zestrzelił 4 i 1/4 niemieckich samolotów.

Skalski razem z innymi pilotami przez Rumunię i Francję trafił do Anglii. „Szkolenie było krótkie. Trafiliśmy szybko do jednostek brytyjskich. Ja byłem w 302, a niedługo później w angielskim dywizjonie 501, z którym brałem udział w bitwie o Anglię” – wspominał.

Oficjalnie zaliczono mu zestrzelenie 18 i 11/12 samolotów oraz 2 prawdopodobne.

Wojnę zakończył w stopniu majora. Za zasługi bojowe Skalski otrzymał wiele odznaczeń, w tym Złoty Krzyż Virtuti Militari, Krzyż Walecznych (czterokrotnie) i trzykrotnie brytyjski Distinguished Flying Cross. Wszystkie odznaczenia walecznego pilota można podziwiać w Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie. 

Został aresztowany 4 czerwca 1948 roku. Zarzucono mu udział w siatce szpiegowskiej utworzonej przez Władysława Śliwińskiego. I choć sam Śliwiński zaprzeczał, a w toku śledztwa nic nie udowodniono Skalskiemu, pilot został skazany na karę śmierci, którą po petycji matki zamieniono na więzienie. 

Po sześciu latach odosobnienia, 11 kwietnia 1956 roku Naczelny Sąd Wojskowy uchylił ciążący na majorze Skalskim wyrok i zwolnił go z więzienia, przywracając stopień wojskowy i przyznając odszkodowanie za niesłuszne uwięzienie w wysokości 79 tys. zł. W czerwcu tego samego roku w czasopiśmie „Świat” ukazał się reportaż o fałszywych oskarżeniach wobec Skalskiego.

Uroczystość przekazania sztandaru Polskich Sił Powietrznych na Zachodzie delegacji Wojsk Lotniczych i Obrony Powietrznej na placu Piłsudskiego z udziałem polskich lotników z okresu II wojny światowej. Na zdjęciu: Lotnicy PSP, m.in. Tadeusz Andersz (pierwszy z lewej) i Stanisław Skalski (trzeci z lewej).

Stanisław Skalski w 1988 roku, w uznaniu zasług dla polskiego lotnictwa, został mianowany generałem brygady. Po przejściu do rezerwy Skalski zajął się działalnością publiczną i literacką. Był autorem wielu książek i artykułów o tematyce lotniczej. Był również aktywnym działaczem społecznym.

W 2015 wizerunek pilota został umieszczony na samolocie myśliwskim MiG-29 nr 4105 z 22 Bazy Lotnictwa Taktycznego w Malborku, która również otrzymała imię gen. bryg. pil. Stanisława Skalskiego.