We drugiej połowie września 1939 roku wycofująca się przed frontem niemieckim i przegrupowująca się armia polska trafiła prosto w łapy sowieckich oprawców.
Na stacji Gniezdowo rozładowywano transporty z więźniami Kozielska, których następnie ciężarówkami przewożono na miejsce kaźni w Lasku Katyńskim. Operacja była przemyślana i zorganizowana.
Mieszkańcy Katynia przysięgali, że umundurowanych Polaków, przywożonych z obozów jenieckich, NKWD mordowało pod okiem Niemców. Opowiadali o kilku oficerach niemieckich, goszczonych przez NKWD w czasie masowych egzekucji w Lesie Katyńskim.
Prace ekshumacyjne prowadzone przez komisję techniczną Polskiego Czerwonego Krzyża oraz Międzynarodową Komisję Lekarską rozpoczęto w kwietniu 1943, tuż po niemieckim odkryciu. Według sprawozdania PCK wydobyto zwłoki 4243 osób.
Obie komisje stwierdziły, że śmierć ofiar następowała w wyniku strzału w tył głowy w kwietniu i maju 1940 r. Oznaczało to jednoznacznie sowieckie sprawstwo zbrodni.