Zdaniem Ministerstwa Finansów, Centralny Rejestr Faktur ma przede wszystkim pomóc urzędnikom w analizie i kontroli prawidłowości wystawianych faktur VAT i ograniczyć celowane nadużycia w podatkach. Jego uruchomienie planowane jest na 1 lipca 2019 roku.
Przepisy nowelizacji ustawy o VAT i ordynacji podatkowej likwidują deklaracje VAT, które zostaną zastąpione jednolitym plikiem kontrolnym. W Centralnym Rejestrze Faktur znajdą się dane, które do tej pory zawarte były w plikach JPK_VAT. W nowym narzędziu skarbówki znajdą się także zestawienia faktur dotyczących nabycia towarów lub usług, które nie zostały ujęte przez jednostki administracji rządowej lub samorządowej w ewidencji VAT.
Centralny Rejestr Faktur ma przede wszystkich wspomóc walkę z nieprawidłowościami i być dodatkowym narzędziem uzupełniającym dla Szefa KAS dotyczącym głównie faktur gospodarczych VAT. Takie dokumenty wedle obowiązujących przepisów nie uprawniają urzędników do odliczania VAT naliczonego z takich faktur. Mogą one jednak stanowić ważną informację o ich istnieniu w obrocie prawnym. CRF ma być zatem narzędziem wspierającym posiadanie już przez skarbówkę dane. Efektem mają być raporty, w których wykazane mają być wszystkie niezgodności w rozliczeniach VAT.
Centralny Rejestr Faktur nakłada na podatników konieczność poprawnego uzupełnienia danych w ramach JPK. Jeśli na podstawie błędnych informacji organy podatkowe podejmą jakiekolwiek działania to zarówno oni jak i podatnik będą narażeni na pokrycie kosztów takich działań. Stąd też pomysł wprowadzenia kar administracyjnych za złożenie ewidencji zawierającej błędy, tak aby przesyłane przez podatnika dane były wypełniane z należytą starannością. W przypadku popełnienia błędów, naczelnik urzędu skarbowego wezwie do ich skorygowania. Jeśli nie dojdzie do tego w ciągu 14 dni, za każdą pomyłkę podatnikowi grozić będzie mandat 500 złotych.