iPhone 3G S pracuje na najnowszym systemie iPhone OS w wersji 3.0. W stosunku do poprzedniej wersji przybyło niewiele, za to naprawdę przydatnych funkcji. Jest już szybkie wyszukiwanie i pozioma klawiatura i wspomniana już wcześniej funkcja kopiuj/wklej. Wszystkie dodatkowe funkcje znaleźć można natomiast w ponad 50 tysiącach aplikacji dostępnych w App Store. Nie powinno być problemów z pomieszczeniem ich w telefonie, ponieważ nowy iPhone dostępnych jest w wersji 16 i 32 GB.
Podkreślany przez producenta wzrost prędkości dotyczy nie tylko szybszego renderowania się stron internetowych i uruchamiania aplikacji, ale także pobierania danych z internetu, ponieważ nowy iPhone obsługuje połączenia HSDPA o prędkości do 7,2 Mbps. Znacznie ulepszona została także funkcja aparatu fotograficznego, który może robić już zdjęcia w rozdzielczości 3 megapikseli. Użytkownik może tylko dotknąć wybranego miejsca ekranu by autofocus dobrał w nim ostrość, nawet jeśli są to zdjęcia z bliska wymagające użycia funkcji makro. Równie łatwe jest nagrywanie wideo, które później wysłać można przez email, MMS lub wstawić bezpośrednio na YouTube.
Sterowanie ułatwić mają polecenia głosowe, które pozwalają wybrać odpowiedni numer oraz sterować odtwarzaczem. Można go nawet zapytać co aktualnie jest odtwarzane lub powiedzieć by grał piosenki podobne do tej. Z innych nowości z pewnością wymienić trzeba wbudowany cyfrowy kompas, który może być wspomagany przez odbiornik GPS oraz wgrane mapy. A co ciekawe, dzięki funkcji „Find My iPhone” o wiele łatwiej ma być znaleźć zgubionego gdzieś iPhone’a.
